10μm高精度細(xì)胞地圖-更高的靈敏度、更高的分辨率
技術(shù)介紹
空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)是活躍的研究熱點(diǎn)，2020年，該技術(shù)被Nature Methods評(píng)為年度技術(shù)方法之后，2022年，又上榜《Nature》年度值得年度關(guān)注的七大榜單技術(shù)。
Celatlas Space是賽圖基因基于“微球鋪設(shè)”空間編碼技術(shù)開(kāi)發(fā)的高分辨率空間轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)，可檢測(cè)組織不同位置細(xì)胞中的基因表達(dá)信息，基因檢出效率行業(yè)領(lǐng)先，在癌癥、免疫、神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域有著令人期待的應(yīng)用前景。
技術(shù)原理
Celatlas Space一張玻片對(duì)應(yīng)1-4個(gè)捕獲區(qū)域，每個(gè)捕獲區(qū)域大小為6×6mm/10×10mm，并密集分布約36萬(wàn)/100萬(wàn)個(gè)10μm直徑的捕獲位點(diǎn)，相鄰捕獲位點(diǎn)中心距離10μm（空間分辨率），每個(gè)位點(diǎn)上合成1種barcode，通過(guò)芯片解碼確定序列的物理坐標(biāo)位置，利用poly(dT)來(lái)捕獲組織切片的mRNA，從而進(jìn)行建庫(kù)測(cè)序和空間基因表達(dá)數(shù)據(jù)生成。
空間組學(xué)產(chǎn)品
Celatlas Space ，是賽圖基因自研自產(chǎn)的高分辨、高靈敏的空間組學(xué)一站式解決方案，產(chǎn)品包括透化芯片及透化試劑盒，基因表達(dá)芯片及建庫(kù)試劑盒，微型全自動(dòng)熒光顯微鏡以及生信分析軟件。
實(shí)驗(yàn)流程
1.組織透化優(yōu)化流程
透化芯片上載有核苷酸捕獲探針，與組織切片結(jié)合后通過(guò)探針原位抓取組織內(nèi)的mRNA分子，再利用帶有熒光標(biāo)記的核苷酸進(jìn)行cDNA合成。研究人員通過(guò)熒光顯微成像可以快速判斷特定組織的*佳透化時(shí)間。
2.空間轉(zhuǎn)錄組工作流程
組織表達(dá)芯片上載有具有空間坐標(biāo)信息的捕獲探針，與組織切片結(jié)合后通過(guò)探針原位捕獲組織內(nèi)的mRNA分子并進(jìn)行cDNA合成。研究人員通過(guò)NGS測(cè)序和配套的可視化分析工具，可獲取特定樣本10 μm分辨率下的空間基因表達(dá)模式信息。
樣本要求
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
數(shù)據(jù)展示
1.透化條件優(yōu)化
不同組織所需透化時(shí)間不同，正式實(shí)驗(yàn)前需進(jìn)行透化條件測(cè)試。以腦組織為例測(cè)試不同透化時(shí)長(zhǎng)，以組織形態(tài)完整，熒光值*強(qiáng)且無(wú)彌散為*佳透化時(shí)間的判斷標(biāo)準(zhǔn)作為正式建庫(kù)實(shí)驗(yàn)的透化條件。
2.小鼠腦空間基因表達(dá)
在10μm空間分辨率下，UMI中位數(shù)可達(dá)422，基因中位數(shù)高達(dá)337。將基因表達(dá)信息與組織切片的位置信息相結(jié)合，直觀展示細(xì)胞類型在組織切片上的空間分布以及差異基因的空間分布。
3.生信分析流程
賽圖的數(shù)據(jù)可以對(duì)接現(xiàn)有分析工具stereopy或scanpy，開(kāi)展當(dāng)前大部分主流分析。
4.基因檢出性能優(yōu)異
在對(duì)小鼠大腦組織樣本進(jìn)行的平行測(cè)試實(shí)驗(yàn)中，賽圖基因開(kāi)發(fā)的Celatlas Space平臺(tái)擁有更高的靈敏度。相較現(xiàn)有頭部商業(yè)化空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)平臺(tái)，同一物理分辨率（選取10×10 μm Bin）下，平均轉(zhuǎn)錄本檢出數(shù)量提升3-87%，平均基因數(shù)提升40-67%。
應(yīng)用場(chǎng)景
空間轉(zhuǎn)錄組技術(shù)可在細(xì)胞和組織水平上揭示基因表達(dá)的空間分布，揭示在特定時(shí)空維度生命活動(dòng)過(guò)程的關(guān)鍵分子信息，被應(yīng)用于生命科學(xué)領(lǐng)域基礎(chǔ)研究、轉(zhuǎn)化研究、病理研究、新藥研發(fā)等諸多科研場(chǎng)景，包括但不限于輔助尋找神經(jīng)退行性疾病相關(guān)的分子及其機(jī)制、構(gòu)建各臟器亞細(xì)胞空間圖譜以及空間發(fā)育圖譜、腫瘤的免疫治療以及為復(fù)雜病理提供空間組學(xué)方面的理解。
訂購(gòu)信息
賽圖基因(Celatlas)成立于2022年11月，坐落于杭州市基因小鎮(zhèn)，是一家專注于空間組學(xué)創(chuàng)新解決方案的生命科技企業(yè)，致力于從細(xì)胞到生物組織多維度的空間基因檢測(cè)，助力數(shù)字生命研究和精準(zhǔn)醫(yī)療診斷。公司產(chǎn)品包含空間組學(xué)芯片、試劑盒、微型熒光顯微鏡和分析軟件4款產(chǎn)品，目前已推出國(guó)內(nèi)首款10μm分辨率空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)一站式解決方案。
賽圖基因科技（杭州）有限公司
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